Yugi Muto est un lycéen comme les autres, petit, timide et faible, se faisant taquiner par les garçons de sa classe.
Depuis 8 ans du début ce l'histoire, il a essayé de résoudre l' énigme du Puzzle Millénaire, un vestige Egyptien...
Jusqu'au jour où, Jono-Uchi Katsuya et Honda Hiroto veulent faire de lui un homme..
Ils embête Yugi parce qu'il joue avec une boîte, qui n'est autre que celle du Puzzle Millénaire, et Jono-Uchi lui pique une pièce du puzzle quand Anzu Mazaki, la déléguée de classe, vient pour rendre la boîte du Puzzle à Yugi.
Jôno et Honda parlent dans les couloirs et rencontre une racaille, Ushio, moraliste diabolique, que même les profs le respectent...
Ushio parle à Yûgi, et prend lui même la décision de le protéger...
C'est alors que Ushio amène Yugi à Jono-Uchi et Honda, qui sont tous les deux "Mort"...
Yugi protège alors Jono et Honda, qu'il considère comme amis, et se fait tabasser à leurs place...
Ushio demande alors 200 000 ¥ (9000 Francs environ) pour avoir protégé Yugi...
Yugi rentre chez lui, et essaye de reconstituer le Puzzle Millénaire, car il ne trouve rien d'autre à faire, et bizarrement, tout s'emboîte... Malheureusement, comme Jono-Uchi avait pris une pièce du Puzzle et jeté à l'eau, il lui manquait la dernière pièce du Puzzle...
Mais c'est son Grand-Père qui le lui rapporte, et Yugi termine le Puzzle et...
Il reçoit les pouvoirs du Puzzle Millénaire, que Yugi seul a réussi à le faire depuis alors 3 000 ans de cela...
Alors Yugi n'est plus Yugi... Mais l'Autre Yugi...
Quand Yugi change, il devient le Roi du Jeu, l'Arbitre et le Gardien des Jeu des Ténèbres, Yu-Gi-Oh..
Yugi désormais "L'autre Yûgi" est l'Âme d'un ancien Pharaon enfermé dans le Puzzle Millénaire.
Yugi est donc l'élu du Puzzle Millénaire. (On reconnaît Yugi et l'autre Yugi grâce à leur regards, à leur coiffure et à leur taille)
Mais l'Âme de l'ancien Roi se fera recouvrir quand les 7 Objets Millénaires seront rassemblés:
Le Puzzle Millénaire (Muto Yugi), la Clé Millénaire (Shahdi), la Balance Millénaire (Shahdi), l'Anneau Millénaire (Bakura), l'Oeil Millénaire (Pegasus), le Tork Millénaire (Isis) et la Hache Millénaire (Marik)
Yugi et son Double auront alors beaucoup de Duels...
